Το Τμήμα Βιοϊατρικών Επιστημών προσφέρει 5 Μεταπτυχιακά Προγράμματα Σπουδών, 3 ελληνικά και δύο αγγλόφωνα.
- Αγγλόφωνο ΠΜΣ Innovative Approaches in Clinical Microbiology and Infectomics του Τμήματος Βιοϊατρικών Επιστημών της Σχολής Επιστημών Υγείας ΔιΠαΕ (2025)
- Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) σε συνεργασία με το Τμήμα Ιατρικής του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης: Βιο-Ιατρικές και Μοριακές Επιστήμες στη Διάγνωση και Θεραπεία Ασθενειών (2016)
- Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) σε συνεργασία με το Τμήμα Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (Α.Π.Θ.): Εφαρμοσμένη Γεροντολογία και Γηριατρική (2023)
- Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) σε συνεργασία με το Τμήμα Ιατρικής της Σχολής Επιστημών Υγείας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (Α.Π.Θ.): Εμβόλια και Λοιμώδη Νοσήματα (2023)
- Αγγλόφωνο Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΔΠΜΣ) σε συνεργασία με το Τμήμα Ιατρικής του Δημοκριτείου Πανεπιστημίου Θράκης: Bio-Medical and Molecular Sciences in Diagnosis and Treatment of Diseases (2024)